La Hermandad se funda el 26 de octubre de 1961 en la sede provisional de la nueva Parroquia de San Agustín, en la primera barriada periférica de la ciudad. Procesiona por las calles con los hermanos vistiendo la túnica nazarena y con un solo paso hasta 1967.
A mitad de los setenta es reorganizada por un grupo de jóvenes de la barriada, bendiciendo la nueva imagen del Santísimo Cristo de la Bondad, procedente de Olot (Gerona), en 1975. En la Semana Santa de 1976 realiza su salida procesional de nuevo con nazarenos y un solo paso.
En el año 1980 se bendice la primera imagen de Nuestra Señora de la Oliva, obra de Sebastián Santos, procesionando en las semanas santas de 1981 y 1982. En junio de 1982 se produce un incendio en la capilla que destruye la imagen de la dolorosa y daña la del Cristo.
La cofradía, sacó al año siguiente, en el 1983, las nuevas imágenes del Señor de la Bondad, de Gabriel Cuadrado, y de Nuestra Señora de la Oliva, de José Mª Cerero Sola. Las imágenes secundarias del paso de misterio se estrenan en 1984, también obras de Gabriel Cuadrado.
El XXV Aniversario de la Fundación de la Hermandad se celebra en 1986 siendo el cartel de la Semana Santa representada por el paso de misterio del Señor poco después de la salida del templo.
Tras la aprobación del Cabildo General de Hermanos, la Junta de Gobierno adopta en 1989 encargar una nueva Dolorosa, esta vez obra de Jesús Curquejo Murillo. La talla de la imagen fue bendecida el 2 de febrero de 1990.
Nuestra Hermandad es pionera desde 1991 en enviar a sus hermanos boletines y folletos informativos, se formaliza el boletín «Toma y Lee».
En 1992 se inicia la renovación del paso de palio con el estreno de la primera fase de los respiraderos de Orfebrería Triana. Se estrena la imagen del niño hebreo en el paso de misterio, obra de Jesús Curquejo.
Nuestro Rvdo. Párroco, q.e.d, D. José Luis Portillo González, pronuncia el Pregón de la Semana Santa en 1993.
La primera Jornada Cultural, bajo el lema «Palmas y Olivos», fue inaugurada en 1994. En aquel mismo año, acudió para clausurar la jornada la Banda de Cornetas y Tambores Stmo. Cristo de las Tres Caídas de Triana.
Entre los años 1991 y 1999 la cofradía afrontó numerosas inversiones en su patrimonio de ajuar e insignias. Entre ellas las antiguas bambalinas lisas de terciopelo, manto, respiraderos de malla, faldones y candelabros de cola.
El paso de misterio también afronta una reforma importante en 1995 en el que se sustituyen los respiraderos de madera por uno de terciopelos y se coloca la palmera en una posición más central, que antes iba en un costero. Además, se pone un baquetón de madera tallada, las cuatro maniguetas y un nuevo posicionamiento de esquinas para las imágenes de los apóstoles.
En el año 2000, la imagen del Santísimo Cristo de la Bondad preside por primera vez los Cultos de Reglas de forma erguida y se efectúa con la imagen el ejercicio del Vía Crucis por los alrededores del templo parroquial. Se acuerda celebrar el XXV Aniversario de la Reorganización de la Hermandad, anunciado por un cartel conmemorativo con una fotografía del paso de misterio delante del desaparecido arco de Beca. Se inaugura el nuevo centro de salud del distrito que pasa a denominarse Centro de Salud Nuestra Señora de la Oliva.
El boletín «Toma y Lee» cambia al formato de prensa diaria con el nombre de San Agustín, con una tirada de 4000 ejemplares distribuidos, además de entre los hermanos, por la feligresía y el distrito. Tras unas reformas, se inaugura la capilla que se encuentra en la Parroquia.
Es en 2000 cuando se funda la Agrupación Musical, con el nombre de nuestro titular, Santísimo Cristo de la Bondad, y acompañando desde 2001 durante un tramo del recorrido al paso de misterio.
El altar montado para la Coronación Canónica de la Virgen del Águila en el año 2000, cedimos los candelabros de cola para la celebración.
El 10 de agosto de 2000 se firma el contrato de la nueva hechura de la dolorosa de la Hermandad. En marzo de 2001 se bendice la actual imagen de Nuestra Señora de la Oliva, obra de Juan Manuel Miñarro López.
La Casa de la Cultura acogió en septiembre de 2001 una exposición conmemorativa haciendo un recorrido histórico con los enseres. Para culminar, el 6 de octubre se celebra la Solemne Función Conmemorativa de imposición a la Santísima Virgen de la réplica de la medalla de oro de la ciudad por parte del que era Alcalde de la ciudad, Antonio Gutiérrez Limones, y posterior procesión extraordinaria por las calles de la feligresía. Durante el recorrido se bendijo el retablo cerámico con la imagen del Stmo. Cristo de la Bondad colocado en la calle Salamanca.
La imagen del Stmo. Cristo de la Bondad fue intervenido en 2004 sustituyendo el cuerpo de candelero por uno anatomizado y la posibilidad de ponerse erguido según las necesidades del culto.
En verano de 2004 se formaliza el contrato para la hechura del nuevo paso de misterio con el tallista alcalareño Manuel López Duarte. En 2005 estrenamos la primera fase. Igualmente, con el estreno del nuevo paso se hace una importante reforma de la disposición del misterio abandonándose la composición original por la que vemos actualmente.
El Domingo de Ramos de 2005 fue una jornada histórica para nuestra Agrupación Musical del Santísimo Cristo de la Bondad que acompañaba por primera vez al Señor durante todo el recorrido.
La Hermandad propone una reforma de regla que es aprobado en octubre de 2005. Entre las reformas más importantes está la obtención del título de Sacramental, la normalización del Vía Crucis, así como la reforma del escudo corporativo que incorpora una custodia sobre la mitra de San Agustín orlada por sendas ramas de olivo y palma.
En el año 2006 la Hermandad estrena nuevo escudo corporativo. El 18 de junio como acción de gracia por el titulo de Hermandad Sacramental, el Señor de la Bondad sale extraordinariamente para presidir el altar del corpus instalado por la Hermandad en la puerta del Teatro Gutiérrez de Alba, con un paso cedido por la Hermandad de la Borriquita de Coria del Río.
Nuestro párroco de San Agustín, fundador y director espiritual de la Hermandad durante más de 40 años, D. José Luis Portillo González fallece el 13 de febrero de 2007. Alma máter y responsable de las señas de identidad de nuestra cofradía, no se entiende la historia de esta corporación sin la figura de D. José Luis Portillo. Tras unos meses de enfermedad, es acogido en la Gloria del Señor coincidiendo con el segundo día de quinario, siendo el Señor de la Bondad quien presida el altar mayor de San Agustín en sus exequias, celebradas por el Cardenal Amigo Vallejo, acompañado de más de 30 sacerdotes.
En 2008 celebramos una exposición conmemorativa del XXV aniversario de la bendición de la imagen del Señor en la Parroquia de San Agustín.
La Virgen del Águila visitó la Parroquia de San Agustín en su novena itinerante en 2010.
En el mes de mayo de 2011, con motivo del cincuentenario aniversario fundacional, la Hermandad realiza una marcha mariana desde la Parroquia hasta el Santuario de Nuestra Señora del Águila, siendo la primera dolorosa de la que se tiene constancia que visita el templo patronal. Al día siguiente se celebra función solemne y posterior procesión de gloria con la Virgen de la Oliva sobre el paso de la Patrona.
El 28 de octubre la imagen del Santísimo Cristo de la Bondad salió en procesión extraordinaria, recuperando el antiguo recorrido de la Hermandad hacia la barriada San Agustín. Se descubrió azulejo conmemorativo en la Plaza de Cataluña lugar donde se encontraba la primera sede provisional de nuestra parroquia y desde donde se hizo la primera estación de penitencia en 1962.
La Hermandad adquiere las bambalinas del paso de palio de Ntra. Sra. de la Consolación de la Hermandad sevillana de La Sed y son restauradas y enriquecidas por Francisco Carrera Iglesias para su estreno en la semana santa de 2012.
El paso de palio de la Virgen de la Oliva fue cedido a la Hermandad del Soberano Poder en mayo de 2013 para la bendición de su titular María Santísima de la Caridad.
En la Casa de la Cultura pudimos contemplar en la cuaresma de 2014 el nuevo techo de palio, obra de Francisco Carrera Iglesias y fruto de una generosa donación a la cofradía.
Pocos días antes de la salida procesional de 2014, pudimos ver la primera fase del dorado por parte de Abel y Justi Doradores, del paso de misterio, en la que a día de hoy seguimos involucrado junto a las escenas de cartelas, obras de Encarnación Hurtado Molina.
El mayor proyecto social que tuvo la Hermandad fue durante los años 2014, 2015 y 2016, cuando estaba en marcha el proyecto Sembrando Bondad, aunque el mayor logro de este proyecto fue la apertura de un comedor social en las instalaciones del colegio Federico García Lorca para acoger a un centenar de niños en riesgo de exclusión social de la feligresía.
Es en 2015 cuando la Hermandad estrena un nuevo estandarte corporativo -bacalao- de terciopelo rojo bordado por Jorge Casals y Francisco Carrera Iglesias.
El domingo de Ramos de 2015 uno de los varales del paso de palio sufrió una rotura, acumulando un retraso en las horas de la jornada de la cofradía. La Hermandad pone en proceso la ejecución de doce nuevos varales para el paso por el taller del orfebre Manuel de los Ríos que son estrenados en la semana santa de 2016.
La Parroquia de San Agustín sufrió el derrumbe de parte de su techo y nuestras Sagradas Imágenes Titulares tuvieron que ser trasladas de urgencia y manera privada en julio de 2016 a la Parroquia de Santiago. Tras dos meses de exilio, el 2 de octubre volvimos en un traslado público con las imágenes del Señor de la Bondad y la Virgen de la Oliva a casa.
En 2017, tuvo que habilitarse en uno de los salones del Complejo Parroquial D. Juan José Asenjo Pelegrina un espacio donde acogiese las sagradas imágenes que habitan en el templo, entre ellas las nuestras, y donde se pudiera celebrar misa. El triduo de la Stma. Virgen, y la festividad de Cristo Rey tuvo que celebrarse de manera excepcional en uno de los salones y la función solemne en una estampa histórica en el patio de la Parroquia.
El Quinario del Señor y la Función Principal de Instituto tuvieron que celebrarse en febrero de 2018 en la Parroquia de San Mateo, trasladando la imagen del Señor de forma privada. Hasta verano, tras las reformas en el templo parroquial, las Sagradas Imágenes volvieron a sus lugares correspondiente en la capilla.
El Triduo y Besamano de la Virgen que se celebrara en el mes de octubre, tuvo que ser dividido en 2018 y trasladándose el besamano entorno a la Festividad de la Candelaria en el mes de febrero. En 2019 se presenta en Cabildo General de Hermanos la modificación de las reglas, a expensas actualmente, que Palacio Arzobispal otorgue su visto bueno y la aprobación del nuevo reglamento de la Hermandad que dan la aprobación.
En diciembre de 2019 se crea la Escuela de Formación que llevará el nombre del Rvdo. P., q.e.d., D. José Luis Portillo.
En febrero de 2020 fuimos elegido para acoger la XX Edición del Congreso de Hermandades de la Sagrada Entrada Triunfal en Jerusalén en el año 2021.
En el mes de marzo de 2020 vivimos una pandemia mundial conocida como Covid-19, y se proclamó el Estado de Alarma en el territorio español, cerrando las instalaciones de la Hermandad. Durante ese mismo mes conocimos la suspensión de las procesiones de la Semana Santa, quedando en la perdura el Domingo de Ramos del 2020.
Actualmente, el número de hermanos y nazarenos va en aumento cada año. Gracias a las gestiones de todas las juntas de gobierno que han pasado por esta Hermandad podemos ver el valor de un patrimonio, material y humano, que va en aumento con el paso de los años.
